Роденият в Банско първи български историк две годни неуморно събира информация за българското минало. Тъй като се намира в Атон, той има възможността да работи в библиотеките на манастирите „Хилендар” и „Зограф”, библиотеки изключително богати на извори за Средновековието. По това време брат му е игумен на манастира „Хилендар“, което определено му помага в издирването. Освен с познатите ни днес материали, доста вероятно е той да е работил с документи, които днес остават неизвестни за историците. Може би скрити някъде из манастирските библиотеки или унищожени през вековете. Като такива извори на историята можем да определим например: „Немската история“; повест за цар Иван Асен I, житие на Козма Зографски, общо житие на Никола Охридски и Иларион Мъгленски, житие на Филотей Скитски, житие на Ангел Битолски и др
Данни за това кои извори използва Паисий се съдържат в самата история. За някои от изворите авторът говори направо, като посочва името на автора или заглавието на произведението, а за други може да се съди по косвени данни.
По въпроса с изворите на Паисиевата история са се занимавали редица историци. Всеки от тях дава предположения кои са били материалите, от които са черпени знания за българското минало. Като се има предвид че Паисий е монах, много вероятно е повечето му източници да са били църковни документи, а именно манастирски грамоти или жития. С такива той разполага в изобилие в манастирските библиотеки.
Един от учените, който най-рано се занимава с проблема за изворите на „История славянобългарска“ е П. А. Лавров в своята публикация „Одна из пределок истории славянобългарской иеромонаха Паисия“ (1895 г.). В нея той изброява следните извори и документи като използвани от Паисий: Мавро Орбини, Цезар Бароний, Кратка немска история, руски летописи (вероятно Синопсиса на Инконетий Гизел), Кърмчая, Пролог, съчинения на патриарх Евтимий, жития на български светци (Иван Рилски, Гаврил Лесновски, Йоаким Сарандопорски, Прохор Пшински, Йоаникий Девически и др.), гръцки съчинения за Кирил и Методий, Климент, Наум, Сава, Ангеларий, сръбски родослов, Константин Костенечки, Черноризец Храбър, хрисовули, поменици, народни предания.
В своята статия „Проучвания върху История славянобългарска“ Боню Ангелов съставя списък на посочения от Паисий изворов материал. И тези извори са: Мавро Орбини, Цезар Бароний, Латински и гръцки истории, Немска история, грамоти, въпроси на цар Борис до папа Николай I, Кърмчая, Пролог, български печатни книги, руски печатни книги, руски печатни истории, гръцки извори за Кирил и Методий, книги за Иван Асен I, творби на патриарх Евтимий Търновски – житие на Иларион Мъгленски, житие на Иван Рилски, житие на Петка Търновска, Михаил Войн, Радослав сръбски, „Стематография“ на Христофор Жефарович, „Стематография“ на Павел Ритер Витезович, житие на Козма Зографски, житие на Иван Владимир, житие на Гавриил Лесновски, житие на Прохор Пшински, житие на Йоаким Сарандопорски, житие на Йоаникий Девически, житие на Никола Охридски, житие на Филотей Скитски, житие на Ангел Битолски, житие на избитите византийци-християни, царски печати и поменици.
В същия труд Боню Ангелов представя и списък с неозначените извори(косвени данни), изпозлвани в Паисиевия труд. Това са: Черноризец Храбър, Повест временых лет, Панонски легенди, Константин Костенечки, „Разказ за възобновяването на българската и сръбската патриаршия“, „Разказ за покръстването на Борис I“, повест за Света гора, съчинения за Иван Рилски, съчинения на Йосиф Брадати, житие на Иван Владимир, вести за Георги и Никола Софийски, съчинения за Михаил Войн, гръцки съчинения за светите Седмочисленици. Своите твърдения той подкрепя с извадки от самия текст на „История славянобългарска“.
На първо място в изворите, които използва авторът трябва да поставим грамотите на българските царе. Те са давани от български владетели на монашески братства в различни манастири, които се намират в границите на Бългрия или извън нея. С грамотите се даряват или потвърждават дадени вече права за владеене на недвижими имоти от манастирите и за ползване на приходите от тях без намесата на светската власт. Така владетелите се стремят да привлекат на своя страна и в своя подкрепа ползващите се с авторитет монашески братства.
Много от грамотите били преписани с преправяне на текста, за да се осигурят повече недвижими имоти или други придобивки за отделните монашески братства, които често враждували помежду си. Така освен оригиналите, в библиотеките се съхраняват и значителен брой фалшифицирани документи. Разбира се, при тогавашното състояние на изворознанието, не е било лесно да се установи коя от грамотите е истинска и коя подправена. Поради това не е било лесно да се отхвърлят и съдържащите се в някои подправени грамоти сведения от исторически характер за събития от българската, византийската, сръбската и други истории.
От грамотите на българските царе, науката разполага само с осем на български език и с три грамоти на гръцки език. Те са издадени от царете Иван Асен II, Константин Тих, Иван Александър, Иван Шишман, Калиман I Асен, Иван Страцимир. По-важни са Ватопедската грамота на Иван Асен II, Виргинската грамота на Константин Тих, Мрачката грамота на Иван Александър, Рилската и Витошка грамота на Иван Шишман.
Както вече споменах, Паисий Хилендарски е работил в библиотеките на най-големите български манастири и имаме пълно основание да смятаме, че той е бил запознат от близо с информацията в тях.
Наред със сведенията от оригиналните грамоти, Паисий извлича данни за българската история и от някои неистински (подправени или компилативни). Такива били например Зографксата грамота на Йоан Калиман, известна като Калиманова подправена грамота, която била компилация от XVI век, и Сводната зографкса грамота от същия век. Въз основа на данни от последната грамота Паисий представя охридския патриарх Теофилакт за свъременник на българския цар Асен и го поставя на българския патриаршески престол след освобождението на българите от визанстийска власт.
Върху значението на грамотите в труда на родолюбивия българин работи Надежда Драгова. В своята статия „Домашни извори на История славянобългарска“ тя прави преглед и анализ на всички използвани грамоти във фондаменталния Паисиев труд. В своите анализи тя обръща внимание на това кои грамоти са подправени и какво отражение имат върху исторически текст на Паисий и кои са достоверни.
Н. Драгова обръща внимание например на Зографкста грамота на Йоан Калиман известна като Калиманова подправена грамота. Именно в нея тя намира причината за някои хронологични отклонения в текста на хилендарския монах. Пълният списък от посочени и анализирани от нея грамоти, които използва Паисий е: Калиманова грамота, Ватопедска грамота, Виргинска грамота, Рилска и Витошка грамота, Сводна зографска грамота. Освен грамотите Н. Драгова разглежда и посочва някои жития, които използва Паисий, а именно: житие на патриарх Калист, житие на Иларион Мъгленски, житие на Параскева Търновска, житие на Иван Рилски, проложно житие на Михаил Войн, житие на Пимен Зографски, житие на свети Сава, житията на Георги и Николай Софийски.
Паисий познава разказа на Григорий Цамблак за пренасяне на мощите на Петка Търновска от столицата на Шишманова България във Видин и оттам в Сърбия, който се намирал в библиотеката на Зографския манастир, по препис от XV в. Той познава също така животоописанието на сръбския крал Стефан Лазаревич от Константин Костенечки, а също и житието на първия сръбски архиепископ Сава, една повест на Света гора – „Рай мисленый”, печатана в Русия през 1659г., „Стематография” на Христофор Жефарович и немалък брой други съчинения.
Други много важни документи, които му помагат в издирването на исторически данни са житията. Има изрични сведения, че той е познавал и използвал житийни данни за Кирил и Методий и техните ученици, а също така за Иван Рилски, Иларион Мъгленски, Козма Зографски, Иван Владимир, Гаврил Лесновски, Прохор Пшински, Йоаким Сарандапорски, Йоаникий Девически, Никола Охридски, Филотей Скитски, Петка Търновска, Ангел Битолски и други светци. Особено много Паисий Хилендарски използва данните за бългрската история, които се съдържат в житията на търновския патриарх Евтимий за светците Иван Рилски и Петка Търновска.
Според проф. Христо Христов, макар да няма изрични указания, в „История славяно-българска” Паисий Хилендарски е използвал данни от полемичното съчинение на Черноризец Храбър „За буквите”, от „Повест временых лет”, от житието на Теодосий Търновски и др.
Авторът на първата българска история ярко се влияе от славянските извори, които използва в своя труд и се доверява предимно на тях. Той често говори за своите извори – жития, пролог, грамоти и т.н. Често споменава, че черпи сведения от руски книги като споменава, че са печатни истории, но не назовава имената им. Той често коригира Мавро Орбини и Цезар Бароний въз основа на конкретен славянски извор.
Освен с ръкописите на библиотеките Паисий работи и с трудовете на някои западни автори.Основните такива са „Царството на Славяните” от Мавро Орбини и Цезар Бароний, който е автор на „История на църквата” в дванадесет части. Важно е да уточним, че той не работи с оригиналните издания на трудовете, а с руските преводи на двете съчинения.
